To Aru kagaku no Railgun

เป็นอะนิเมะในภาคถัดมา ที่สร้างมาจากไซด์สตอรี่ (เนื้อเรื่องคู่ขนาน) มีชื่อว่า โทอารุ คากาคุ โนะ เรลกัน (To aru Kagaku no Railgun) ดำเนินเรื่องโดยศูนย์กลางอยู่ที่ มิซากะ มิโคโตะ โดยมีโทมะแสดงบทบาทบ้างเป็นครั้งคราว เนื้อเรื่องเป็นชีวิตประจำวันของมิซากะ และเป็นเนื้อเรื่องคู่ขนานกับภาคอินเด็กซ์ มิซากะกับเพื่อนร่วมกันสืบสวนเหตุการณ์เหนือธรรมชาติ ที่เรียกกันว่า เลเวล อัปเปอร์ (Level Upper) ซึ่งสามารถเพิ่มพลัง เพิ่มเลเวลให้กับผู้มีพลังจิต (ในฝ่ายวิทยาศาสตร์) แต่กลับทำให้ผู้ได้รับการเพิ่มเลเวลนั้น ต้องได้รับอันตราย ถึงกับต้องเข้าโคม่าภายหลังจากใช้พลังพิเศษ เนื้อหาของโทอารุ คะงะคุ โนะ เรลกันใน 12 ตอนแรกจะกล่าวถึงชีวิตประจำวันของ มิซากะ มิโคโตะ และพูดถึง ซาเต็นซัง เพื่อนสนิทของอุยฮารุ ที่ค้นพบเพลง เลเวล อัปเปอร์ โดยการสร้างของนักวิจัยฝ่ายวิชาการ คิยามะ (เป็นต้นเหตุของข่าวลือ "ตำนานสาวถอดของเมืองแห่งการศึกษา" รวมถึง "การแพร่ระบาดของสาวถอด" อีกด้วย) การต่อสู้ของเนื้อเรื่องนี้ไม่มีส่วนของโทมะเป็นตัวแสดงหลัก จะมีปรากฏตัวมาบ้างเป็นบางครั้งบางคราว เช่น ตอนที่ 2,4,7 ส่วนนอกนั้นจะเป็นเนื้อเรื่องของ มิซากะ ทุกตอน เนื้อหาช่วงคิยามะ และการต่อสู้กับเครือข่าย เลเวล อัปเปอร์ มิซากะตามหาตัวอุยฮารุที่ถูกคิยามะจับไป แต่ความสามารถของคิยามะ หรือที่เรียกว่า มัลติ สกิล (Multi-Skills) ซึ่งได้มาเพราะเครือข่าย เลเวล อัปเปอร์ นับ 10,000 คน เข้าต่อสู้ด้วย ในภายหลังที่สามารถเอาชนะคิยามะได้ แต่ก็ต้องพบกับการต่อสู้กับปีศาจเครือข่ายที่ออกมาจากตัวคิยามะ ในตอนนี้คิยามะได้ให้การช่วยเหลือ โดยได้มอบเพลงที่จะทำให้ เลเวล อัปเปอร์ สงบลงให้กับอุยฮารุ การต่อสู้ของมิซากะกับเครือข่าย จบลงที่มิซากะสามารถทำลายจุดควบคุมเครือข่ายได้ และทุกคนที่ใช้ เลเวล อัปเปอร์ ฟื้นขึ้นมาทุกคน รวมถึง ซาเต็นซัง เพื่อนสนิทของอุยฮารุด้วย